| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Пари Сен-Жермен (Париж,Франция) - Уйпешт (Будапешт,Венгрия) | 3:0 | 1:0 |
| Спортинг (Лиссабон,Португалия) - Партизан (Тирана,Албания) | 1:3 | 3:1(3:3 ДВ) |
| Легия (Варшава,Польша) - Утрехт (Утрехт,Нидерланды) | 4:1 | 3:1 |
| Зимбру (Кишинев,Молдова) - Реал Бетис (Севилья,Испания) | 0:2 | 1:2 |
| Бешикташ (Стамбул,Турция) - Сараево (Босния и Герцеговина) | 2:2 | 5:0 |
| ЦСКА (Москва,Россия) - Парма (Парма,Италия) | 1:1 | 2:3 |
| Левски (София,Болгария) - Брондбю (Брондбю,Дания) | 4:1 | 1:1 |
| Андерлехт (Андерлехт,Бельгия) - Стабек (Беккестуа,Норвегия) | 0:1 | 2:1 |
| Националь (Румыния) - Херенвен (Херенвен,Нидерланды) | 3:0 | 0:2 |
| Лацио (Рим,Италия) - Ксанти (Греция) | 4:0 | 0:0 |
| Абердин (Абердин,Шотландия) - Герта (Берлин,Германия) | 0:0 | 0:1 |
| Ипсвич (Ипсвич,Англия) - Сартид (Сербия) | 1:1 | 1:0 |
| Маккаби (Тель-Авив,Израиль) - Боавишта (Порту,Португалия) | 1:0 | 1:4 |
| АИК (Швеция) - Фенербахче (Стамбул,Турция) | 3:3 | 1:3 |
| Спарта (Прага,Чехия) - Широкий берег (Босния и Герцеговина) | 3:0 | 1:0 |
| Аустрия (Вена,Австрия) - Шахтёр (Донецк,Украина) | 5:1 | 0:1 |
| Денизлиспор (Турция) - Лорьян (Лорьян,Франция) | 2:0 | 1:3 |
| Челси (Лондон,Англия) - Викинг (Ставангер,Норвегия) | 2:1 | 2:4 |
| Карнтен (Австрия) - Хапоэль (Тель-Авив,Израиль) | 0:4 | 1:0 |
| Штутгарт (Штутгарт,Германия) - Вентспилс (Вентспилс,Латвия) | 4:1 | 4:1 |
| Динамо (Загреб,Хорватия) - Залаэгерсег (Залаэгерсег,Венгрия) | 6:0 | 3:1 |
| Копенгаген (Копенгаген,Дания) - Юргерденс (Стокгольм,Швеция) | 0:0 | 1:3 |
| Виктория (Жижков,Чехия) - Глазго Рейнджерс (Глазго,Шотландия) | 2:0 | 0:2(1:3 ДВ) |
| Витесс (Арнем,Нидерланды) - Рапид (Бухарест,Румыния) | 1:1 | 1:0 |
| Лидс (Лидс,Англия) - Металлург (Запорожье,Украина) | 1:0 | 1:1 |
| Серветт (Швейцария) - Амица Вронки (Польша) | 2:3 | 2:1 |
| Штурм (Грац,Австрия) - Ливингстон (Ливингстон,Шотландия) | 5:2 | 3:4 |
| Ференцварош (Венгрия) - Коджаэлиспор (Турция) | 4:0 | 1:0 |
| Железничар (Сараево,Босния и Герцеговина) - Малага (Малага,Испания) | 0:0 | 0:1 |
| Бордо (Бордо,Франция) - Матадор (Печов,Словакия) | 6:0 | 4:1 |
| Слован (Либерец,Чехия) - Динамо (Тбилиси,Грузия) | 3:2 | 1:0 |
| Лексес (Матозиньюш,Португалия) - ПАОК (Салоники,Греция) | 2:1 | 1:4 |
| Литекс (Ловеч,Болгария) - Панатинаикос (Афины,Греция) | 0:1 | 1:0(1:2 ДВ) |
| Црвена Звезда (Белград,Сербия) - Кьево (Верона,Италия) | 0:0 | 2:0 |
| Хайдук (Сплит,Хорватия) - Фулхэм (Лондон,Англия) | 0:1 | 2:2 |
| Приморье (Словения) - Висла (Краков,Польша) | 0:2 | 1:6 |
| АПОЭЛ (Никосия,Кипр) - Грац (Австрия) | 2:0 | 1:1 |
| Сельта (Виго,Испания) - ОБ (Оденсе,Дания) | 2:0 | 0:1 |
| Металлург (Донецк,Украина) - Вердер (Бремен,Германия) | 2:2 | 0:8 |
| Селтик (Глазго,Шотландия) - Судува (Мариамполе,Литва) | 8:1 | 2:0 |
| Порту (Порту,Португалия) - Полония (Варшава,Польша) | 6:0 | 0:2 |
| Гомель (Гомель,Беларусь) - Шальке (Гельзенкирхен,Германия) | 1:4 | 0:4 |
| Грассхоппер (Цюрих,Швейцария) - Зенит (Санкт-Петербург,Россия) | 3:1 | 1:2 |
| Анкарагюджу (Турция) - Алавес (Витория,Испания) | 1:2 | 0:3 |
| Ираклис (Греция) - Анортосис (Ларнака,Кипр) | 4:2 | 1:3 |
| Мидтъюлланд (Хернинг,Дания) - Вартекс (Вараждин,Хорватия) | 1:0 | 1:1 |
| Блэкберн Роверс (Блэкберн,Англия) - ЦСКА (София,Болгария) | 1:1 | 3:3 |
| Моускрон (Бельгия) - Славия (Прага,Чехия) | 2:2 | 1:5 |
