| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Будощность (Босния и Герцеговина) - Марибор (Марибор,Словения) | 1:2 | 1:0 |
| Омония (Никосия,Кипр) - ЦСКА (София,Болгария) | 1:1 | 1:1(1:3 ДВ) |
| Суперфунд (Пашинг,Австрия) - Зенит (Санкт-Петербург,Россия) | 3:1 | 0:2 |
| Железничар (Сараево,Босния и Герцеговина) - Литекс (Ловеч,Болгария) | 1:2 | 0:7 |
| Вентспилс (Вентспилс,Латвия) - Брондбю (Брондбю,Дания) | 0:0 | 1:1 |
| Динамо (Загреб,Хорватия) - Приморье (Словения) | 4:0 | 0:2 |
| Славия (Прага,Чехия) - Динамо (Тбилиси,Грузия) | 3:1 | 0:2 |
| Уйпешт (Будапешт,Венгрия) - Серветт (Швейцария) | 3:1 | 2:0 |
| Тбилиси (Тбилиси,Грузия) - Легия (Варшава,Польша) | 0:1 | 0:6 |
| Нистру (Молдова) - Сигма (Оломоуц,Чехия) | 1:2 | 0:4 |
| Банска Быстрица (Словакия) - Виль (Виль,Швейцария) | 3:1 | 1:1 |
| Железник (Сербия) - Стяуа (Бухарест,Румыния) | 2:4 | 2:1 |
| Петржалка (Братислава,Словакия) - Днепр (Днепропетровск,Украина) | 0:3 | 1:1 |
| Ильичевец (Мариуполь,Украина) - Аустрия (Вена,Австрия) | 0:0 | 0:3 |
| Металлург (Донецк,Украина) - Тирасполь (Тирасполь,Молдова) | 3:0 | 2:1 |
| Ахмат (Грозный,Россия) - Лех (Познань,Польша) | 1:0 | 1:0 |
| Левски (София,Болгария) - Модрица (Босния и Герцеговина) | 5:0 | 3:0 |
| Одд Гренланн (Шиен,Норвегия) - Экранас (Паневежис,Литва) | 3:1 | 1:2 |
| Эстер (Швеция) - Металлург (Лиепая,Латвия) | 2:2 | 1:1 |
| Оцелул (Галац,Румыния) - Партизан (Белград,Сербия) | 0:0 | 0:1 |
| Стабек (Беккестуа,Норвегия) - Хака (Валкеакоски,Финляндия) | 3:1 | 3:1 |
| Гленчберлиги (Турция) - Риекка (Риека,Хорватия) | 1:0 | 1:2 |
| Амица Вронки (Польша) - Гонвед (Будапешт,Венгрия) | 1:0 | 0:1(5:4 Пн) |
| Беверен (Бельгия) - Вадуц (Лихтенштейн) | 3:1 | 2:1 |
| Хапоэль (Бней-Сахнин,Израиль) - Партизан (Тирана,Албания) | 3:0 | 3:1 |
| Будё Глимт (Будё,Норвегия) - Левадия (Таллин,Эстония) | 2:1 | 1:2(8:7 Пн) |
| Гленторан (Белфаст,Северная Ирландия) - Эльфсборг (Бурос,Швеция) | 0:1 | 1:2 |
| Жальгирис (Вильнюс,Литва) - Ольборг (Ольборг,Дания) | 1:3 | 0:0 |
| Рапид (Вена,Австрия) - Рубин (Казань,Россия) | 0:2 | 3:0 |
| Хаммарбю (Стокгольм,Швеция) - Акранес (Исландия) | 2:0 | 2:1 |
| Хафнафьордур (Хафнафьордур,Исландия) - Данфермлин Атлетик (Данфермлин,Шотландия) | 2:2 | 2:1 |
| АЕК (Ларнака,Кипр) - Маккаби (Петтах-Тиква,Израиль) | 3:0 | 0:4 |
