| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Славен Белупо (Копривница,Хорватия) - ЦСКА (Москва,Россия) | 1:2 | 0:1 |
| Ренн (Ренн,Франция) - Твенте (Энсхеде,Нидерланды) | 2:1 | 0:1 |
| Герта (Берлин,Германия) - Сент-Патрикс Атлетик (Дублин,Ирландия) | 2:0 | 0:0 |
| Черное Море (Варна,Болгария) - Штутгарт (Штутгарт,Германия) | 1:2 | 2:2 |
| Фейеноорд (Роттердам,Нидерланды) - Кальмар (Кальмар,Швеция) | 0:1 | 2:1 |
| Беллинзона (Беллинзона,Швейцария) - Галатасарай (Стамбул,Турция) | 3:4 | 1:2 |
| Севилья (Севилья,Испания) - Ред Булл (Зальцбург,Австрия) | 2:0 | 2:0 |
| Славия (Прага,Чехия) - Васлуй (Васлуй,Румыния) | 0:0 | 1:1 |
| Спортинг (Брага,Португалия) - Петржалка (Братислава,Словакия) | 4:0 | 2:0 |
| Наполи (Неаполь,Италия) - Бенфика (Лиссабон,Португалия) | 3:2 | 0:2 |
| Бешикташ (Стамбул,Турция) - Металлист (Харьков,Украина) | 1:0 | 1:4 |
| Бранн (Берген,Норвегия) - Депортиво (Ла Корунья,Испания) | 2:0 | 0:2(-:+ Пн) |
| Жилина (Жилина,Словакия) - Левски (София,Болгария) | 1:1 | 1:0 |
| Брондбю (Брондбю,Дания) - Русенборг (Норвегия) | 1:2 | 2:3 |
| Динамо (Загреб,Хорватия) - Спарта (Прага,Чехия) | 0:0 | 3:3 |
| Норшелланн (Фарум,Дания) - Олимпиакос (Пирей,Греция) | 0:2 | 0:5 |
| Москва (Москва,Россия) - Копенгаген (Копенгаген,Дания) | 1:2 | 1:1 |
| Литекс (Ловеч,Болгария) - Астон Вилла (Бирмингем,Англия) | 1:3 | 1:1 |
| АПОЭЛ (Никосия,Кипр) - Шальке (Гельзенкирхен,Германия) | 1:4 | 1:1 |
| Тоттенхэм (Лондон,Англия) - Висла (Краков,Польша) | 2:1 | 1:1 |
| Омония (Никосия,Кипр) - Манчестер Сити (Манчестер,Англия) | 1:2 | 1:2 |
| Эвертон (Ливерпуль,Англия) - Стандарт (Льеж,Бельгия) | 2:2 | 1:2 |
| Милан (Милан,Италия) - Цюрих (Цюрих,Швейцария) | 3:1 | 1:0 |
| Аустрия (Вена,Австрия) - Лех (Познань,Польша) | 2:1 | 2:4(ДВ) |
| Витория (Сетубал,Португалия) - Херенвен (Херенвен,Нидерланды) | 1:1 | 2:5 |
| Расинг (Сантандер,Испания) - Хонка (Эспоо,Финляндия) | 1:0 | 1:0 |
| Борац (Чачак,Сербия) - Аякс (Амстердам,Нидерланды) | 1:4 | 0:2 |
| Политехника (Тимишоара,Румыния) - Партизан (Белград,Сербия) | 1:2 | 0:1 |
| Гамбург (Гамбург,Германия) - Униреа (Урзицени,Румыния) | 0:0 | 2:0 |
| Маритиму (Фуншал,Португалия) - Валенсия (Валенсия,Испания) | 0:1 | 1:2 |
| Сампдория (Генуя,Италия) - Каунас (Каунас,Литва) | 5:0 | 2:1 |
| НЕК (Неймеген,Нидерланды) - Динамо (Бухарест,Румыния) | 1:0 | 0:0 |
| Хапоэль (Тель-Авив,Израиль) - Сент-Этьен (Сент-Этьен,Франция) | 1:2 | 1:2 |
| Кайсериспор (Турция) - Пари Сен-Жермен (Париж,Франция) | 1:2 | 0:0 |
| Нанси (Нанси,Франция) - Мотеруэлл (Мотеруэлл,Шотландия) | 1:0 | 2:0 |
| Портсмут (Портсмут,Англия) - Витория (Гимарайнш,Португалия) | 2:0 | 2:2(ДВ) |
| Боруссия (Дортмунд,Германия) - Удинезе (Удине,Италия) | 0:2 | 2:0(-:+ Пн) |
| Янг Бойз (Берн,Швейцария) - Брюгге (Брюгге,Бельгия) | 2:2 | 0:2 |
| Вольфсбург (Вольфсбург,Германия) - Рапид (Бухарест,Румыния) | 1:0 | 1:1 |
| Баник (Острава,Чехия) - Спартак (Москва,Россия) | 0:1 | 1:1 |
