Первый раунд
Первые матчи 16.07.2003
Вторые матчи 23.07.2003
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Пюник (Ереван,Армения) - КР Рейкьявик (Рейкьявик,Исландия) | 1:0 | 1:1 |
| Шериф (Тирасполь,Молдова) - Флора (Таллин,Эстония) | 1:0 | 1:1 |
| Торсхавн (Торсхавн,Фареры) - Каунас (Каунас,Литва) | 0:1 | 1:4 |
| БАТЭ (Борисов,Беларусь) - Богемианс (Дублин,Ирландия) | 1:0 | 0:3 |
| Вардар (Скопье,Северная Македония) - Барри Таун (Барри,Уэльс) | 3:0 | 1:2 |
| Гревенмахер (Люксембург) - Леотар (Босния и Герцеговина) | 0:0 | 0:2 |
| Гленторан (Белфаст,Северная Ирландия) - ХИК (Хельсинки,Финляндия) | 0:0 | 0:1 |
| Слима Уондерерс (Слима,Мальта) - Сконто (Рига,Латвия) | 2:0 | 1:3 |
| Омония (Никосия,Кипр) - Иртыш (Павлодар,Казахстан) | 0:0 | 2:1 |
| Динамо (Тбилиси,Грузия) - Тирана (Тирана,Албания) | 3:0 | 0:3(2:4 Пн) |
|
