| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Вердер (Бремен,Германия) - Актобе (Актобе,Казахстан) | 6:3 | 2:0 |
| Бней Йехуда (Тель-Авив,Израиль) - ПСВ (Эйндховен,Нидерланды) | 0:1 | 0:1 |
| Сион (Швейцария) - Фенербахче (Стамбул,Турция) | 0:2 | 2:2 |
| Твенте (Энсхеде,Нидерланды) - Карабах (Агдам,Азербайджан) | 3:1 | 0:0 |
| Стяуа (Бухарест,Румыния) - Сент-Патрикс Атлетик (Дублин,Ирландия) | 3:0 | 2:1 |
| Сараево (Босния и Герцеговина) - ЧФР (Клуж-Напока,Румыния) | 1:1 | 1:2 |
| НАК (Бреда,Нидерланды) - Вильярреал (Вильярреал,Испания) | 1:3 | 1:6 |
| ПАОК (Салоники,Греция) - Херенвен (Херенвен,Нидерланды) | 1:1 | 0:0 |
| Васлуй (Васлуй,Румыния) - АЕК (Афины,Греция) | 2:1 | 0:3 |
| Сивасспор (Сивас,Турция) - Шахтёр (Донецк,Украина) | 0:3 | 0:2 |
| Динамо (Загреб,Хорватия) - Харт оф Мидлотиан (Эдинбург,Шотландия) | 4:0 | 0:2 |
| Бенфика (Лиссабон,Португалия) - Ворскла (Полтава,Украина) | 4:0 | 1:2 |
| ЦСКА (София,Болгария) - Динамо (Москва,Россия) | 0:0 | 2:1 |
| Насьонал де Мадейра (Фуншал,Португалия) - Зенит (Санкт-Петербург,Россия) | 4:3 | 1:1 |
| Металлург (Донецк,Украина) - Аустрия (Вена,Австрия) | 2:2 | 2:3(-:+ ДВ) |
| Штурм (Грац,Австрия) - Металлист (Харьков,Украина) | 1:1 | 1:0 |
| Кошице (Кошице,Словакия) - Рома (Рим,Италия) | 3:3 | 1:7 |
| Стабек (Беккестуа,Норвегия) - Валенсия (Валенсия,Испания) | 0:3 | 1:4 |
| Фулхэм (Лондон,Англия) - Амкар (Пермь,Россия) | 3:1 | 0:1 |
| БАТЭ (Борисов,Беларусь) - Литекс (Ловеч,Болгария) | 0:1 | 4:0(-:+ ДВ) |
| Атлетик (Бильбао,Испания) - Тромсё (Тромсё,Норвегия) | 3:2 | 1:1 |
| Славия (Прага,Чехия) - Црвена Звезда (Белград,Сербия) | 3:0 | 1:2 |
| Галатасарай (Стамбул,Турция) - Левадия (Таллин,Эстония) | 5:0 | 1:1 |
| Динамо (Бухарест,Румыния) - Слован (Либерец,Чехия) | 0:3 | 3:0(+:- Пн) |
| Теплице (Теплице,Чехия) - Хапоэль (Тель-Авив,Израиль) | 1:2 | 1:1 |
| Марибор (Марибор,Словения) - Спарта (Прага,Чехия) | 0:2 | 0:1 |
| Брондбю (Брондбю,Дания) - Герта (Берлин,Германия) | 2:1 | 1:3 |
| ФК Баку (Баку,Азербайджан) - Базель (Базель,Швейцария) | 1:3 | 1:5 |
| Рапид (Вена,Австрия) - Астон Вилла (Бирмингем,Англия) | 1:0 | 1:2 |
| Лех (Познань,Польша) - Брюгге (Брюгге,Бельгия) | 1:0 | 0:1(-:+ Пн) |
| Аякс (Амстердам,Нидерланды) - Слован (Братислава,Словакия) | 5:0 | 2:1 |
| Партизан (Белград,Сербия) - Жилина (Жилина,Словакия) | 1:1 | 2:0 |
| Эвертон (Ливерпуль,Англия) - Сигма (Оломоуц,Чехия) | 4:0 | 1:1 |
| Генк (Бельгия) - Лилль (Лилль,Франция) | 1:2 | 2:4 |
| Лацио (Рим,Италия) - Эльфсборг (Бурос,Швеция) | 3:0 | 0:1 |
| Дженоа (Генуя,Италия) - ОБ (Оденсе,Дания) | 3:1 | 1:1 |
| Генгам (Генгам,Франция) - Гамбург (Гамбург,Германия) | 1:5 | 1:3 |
| Трабзонспор (Трабзон,Турция) - Тулуза (Тулуза,Франция) | 1:3 | 1:0 |
