Финал
Дата игры 15.05.2013
| Соперники | Счет |
| Бенфика (Лиссабон,Португалия) - Челси (Лондон,Англия) | 1:2 |
1/2 финала
Первые матчи 25.04.2013
Вторые матчи 02.05.2013
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Фенербахче (Стамбул,Турция) - Бенфика (Лиссабон,Португалия) | 1:0 | 1:3 |
| Базель (Базель,Швейцария) - Челси (Лондон,Англия) | 1:2 | 1:3 |
1/4 финала
Первые матчи 04.04.2013
Вторые матчи 11.04.2013
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Бенфика (Лиссабон,Португалия) - Ньюкасл (Ньюкасл-апон-Тайн,Англия) | 3:1 | 1:1 |
| Челси (Лондон,Англия) - Рубин (Казань,Россия) | 3:1 | 2:3 |
| Тоттенхэм (Лондон,Англия) - Базель (Базель,Швейцария) | 2:2 | 2:2(-:+ Пн) |
| Фенербахче (Стамбул,Турция) - Лацио (Рим,Италия) | 2:0 | 1:1 |
1/8 финала
Первые матчи 07.03.2013
Вторые матчи 14.03.2013
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Бенфика (Лиссабон,Португалия) - Бордо (Бордо,Франция) | 1:0 | 3:2 |
| Виктория (Пльзень,Чехия) - Фенербахче (Стамбул,Турция) | 0:1 | 1:1 |
| Анжи (Махачкала,Россия) - Ньюкасл (Ньюкасл-апон-Тайн,Англия) | 0:0 | 0:1 |
| Базель (Базель,Швейцария) - Зенит (Санкт-Петербург,Россия) | 2:0 | 0:1 |
| Леванте (Валенсия,Испания) - Рубин (Казань,Россия) | 0:0 | 0:2(ДВ) |
| Тоттенхэм (Лондон,Англия) - Интер (Милан,Италия) | 3:0 | 1:4(ДВ) |
| Стяуа (Бухарест,Румыния) - Челси (Лондон,Англия) | 1:0 | 1:3 |
| Штутгарт (Штутгарт,Германия) - Лацио (Рим,Италия) | 0:2 | 1:3 |
1/16 финала
Первые матчи 14.02.2013
Вторые матчи 21.02.2013
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Интер (Милан,Италия) - ЧФР (Клуж-Напока,Румыния) | 2:0 | 3:0 |
| Байер (Леверкузен,Германия) - Бенфика (Лиссабон,Португалия) | 0:1 | 1:2 |
| Наполи (Неаполь,Италия) - Виктория (Пльзень,Чехия) | 0:3 | 0:2 |
| Анжи (Махачкала,Россия) - Ганновер (Ганновер,Германия) | 3:1 | 1:1 |
| Зенит (Санкт-Петербург,Россия) - Ливерпуль (Ливерпуль,Англия) | 2:0 | 1:3 |
| Динамо (Киев,Украина) - Бордо (Бордо,Франция) | 1:1 | 0:1 |
| Базель (Базель,Швейцария) - Днепр (Днепропетровск,Украина) | 2:0 | 1:1 |
| Ньюкасл (Ньюкасл-апон-Тайн,Англия) - Металлист (Харьков,Украина) | 0:0 | 1:0 |
| Атлетико (Мадрид,Испания) - Рубин (Казань,Россия) | 0:2 | 1:0 |
| БАТЭ (Борисов,Беларусь) - Фенербахче (Стамбул,Турция) | 0:0 | 0:1 |
| Спарта (Прага,Чехия) - Челси (Лондон,Англия) | 0:1 | 1:1 |
| Леванте (Валенсия,Испания) - Олимпиакос (Пирей,Греция) | 3:0 | 1:0 |
| Тоттенхэм (Лондон,Англия) - Олимпик (Лион,Франция) | 2:1 | 1:1 |
| Штутгарт (Штутгарт,Германия) - Генк (Бельгия) | 1:1 | 2:0 |
| Боруссия (Мёнхенгладбах,Германия) - Лацио (Рим,Италия) | 3:3 | 0:2 |
| Аякс (Амстердам,Нидерланды) - Стяуа (Бухарест,Румыния) | 2:0 | 0:2(-:+ Пн) |
|
