Финал
Дата игры 10.05.2006
| Соперники | Счет |
| Мидлсбро (Мидлсбро,Англия) - Севилья (Севилья,Испания) | 0:4 |
1/2 финала
Первые матчи 20.04.2006
Вторые матчи 27.04.2006
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Шальке (Гельзенкирхен,Германия) - Севилья (Севилья,Испания) | 0:0 | 0:0(0:1 ДВ) |
| Стяуа (Бухарест,Румыния) - Мидлсбро (Мидлсбро,Англия) | 1:0 | 2:4 |
1/4 финала
Первые матчи 30.03.2006
Вторые матчи 06.04.2006
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Севилья (Севилья,Испания) - Зенит (Санкт-Петербург,Россия) | 4:1 | 1:1 |
| Левски (София,Болгария) - Шальке (Гельзенкирхен,Германия) | 1:3 | 1:1 |
| Базель (Базель,Швейцария) - Мидлсбро (Мидлсбро,Англия) | 2:0 | 1:4 |
| Рапид (Бухарест,Румыния) - Стяуа (Бухарест,Румыния) | 1:1 | 0:0 |
1/8 финала
Первые матчи 09.03.2006
Вторые матчи 15.03.2006 - 16.03.2006
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Олимпик (Марсель,Франция) - Зенит (Санкт-Петербург,Россия) | 0:1 | 1:1 |
| Мидлсбро (Мидлсбро,Англия) - Рома (Рим,Италия) | 1:0 | 1:2 |
| Удинезе (Удине,Италия) - Левски (София,Болгария) | 0:0 | 1:2 |
| Стяуа (Бухарест,Румыния) - Реал Бетис (Севилья,Испания) | 0:0 | 3:0 |
| Лилль (Лилль,Франция) - Севилья (Севилья,Испания) | 1:0 | 0:2 |
| Базель (Базель,Швейцария) - Страсбур (Страсбург,Франция) | 2:0 | 2:2 |
| Рапид (Бухарест,Румыния) - Гамбург (Гамбург,Германия) | 2:0 | 1:3 |
| Палермо (Палермо,Италия) - Шальке (Гельзенкирхен,Германия) | 1:0 | 0:3 |
1/16 финала
Первые матчи 15.02.2006 - 16.02.2006
Вторые матчи 23.02.2006
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Реал Бетис (Севилья,Испания) - АЗ (Алкмар,Нидерланды) | 2:0 | 0:2(1:2 ДВ) |
| Херенвен (Херенвен,Нидерланды) - Стяуа (Бухарест,Румыния) | 1:3 | 1:0 |
| Локомотив (Москва,Россия) - Севилья (Севилья,Испания) | 0:1 | 0:2 |
| Русенборг (Норвегия) - Зенит (Санкт-Петербург,Россия) | 0:2 | 1:2 |
| Лилль (Лилль,Франция) - Шахтёр (Донецк,Украина) | 3:2 | 0:0 |
| Брюгге (Брюгге,Бельгия) - Рома (Рим,Италия) | 1:2 | 1:2 |
| Шальке (Гельзенкирхен,Германия) - Эспаньол (Барселона,Испания) | 2:1 | 3:0 |
| Петржалка (Братислава,Словакия) - Левски (София,Болгария) | 0:1 | 0:2 |
| Славия (Прага,Чехия) - Палермо (Палермо,Италия) | 2:1 | 0:1 |
| Базель (Базель,Швейцария) - Монако (Монако,Франция) | 1:0 | 1:1 |
| Герта (Берлин,Германия) - Рапид (Бухарест,Румыния) | 0:1 | 0:2 |
| Удинезе (Удине,Италия) - Ланс (Ланс,Франция) | 3:0 | 0:1 |
| Болтон Уандерерз (Болтон,Англия) - Олимпик (Марсель,Франция) | 0:0 | 1:2 |
| Штутгарт (Штутгарт,Германия) - Мидлсбро (Мидлсбро,Англия) | 1:2 | 1:0 |
| Литекс (Ловеч,Болгария) - Страсбур (Страсбург,Франция) | 0:2 | 0:0 |
| Тун (Тун,Швейцария) - Гамбург (Гамбург,Германия) | 1:0 | 0:2 |
|
