Финал
Дата игры 20.05.2009
| Соперники | Счет |
| Шахтёр (Донецк,Украина) - Вердер (Бремен,Германия) | 2:1(ДВ) |
1/2 финала
Первые матчи 30.04.2009
Вторые матчи 07.05.2009
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Динамо (Киев,Украина) - Шахтёр (Донецк,Украина) | 1:1 | 1:2 |
| Вердер (Бремен,Германия) - Гамбург (Гамбург,Германия) | 0:1 | 3:2 |
1/4 финала
Первые матчи 09.04.2009
Вторые матчи 16.04.2009
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Шахтёр (Донецк,Украина) - Олимпик (Марсель,Франция) | 2:0 | 2:1 |
| Пари Сен-Жермен (Париж,Франция) - Динамо (Киев,Украина) | 0:0 | 0:3 |
| Вердер (Бремен,Германия) - Удинезе (Удине,Италия) | 3:1 | 3:3 |
| Гамбург (Гамбург,Германия) - Манчестер Сити (Манчестер,Англия) | 3:1 | 1:2 |
1/8 финала
Первые матчи 12.03.2009
Вторые матчи 18.03.2009 - 19.03.2009
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Пари Сен-Жермен (Париж,Франция) - Спортинг (Брага,Португалия) | 0:0 | 1:0 |
| ЦСКА (Москва,Россия) - Шахтёр (Донецк,Украина) | 1:0 | 0:2 |
| Динамо (Киев,Украина) - Металлист (Харьков,Украина) | 1:0 | 2:3 |
| Гамбург (Гамбург,Германия) - Галатасарай (Стамбул,Турция) | 1:1 | 3:2 |
| Удинезе (Удине,Италия) - Зенит (Санкт-Петербург,Россия) | 2:0 | 0:1 |
| Манчестер Сити (Манчестер,Англия) - Ольборг (Ольборг,Дания) | 2:0 | 0:2(+:- Пн) |
| Вердер (Бремен,Германия) - Сент-Этьен (Сент-Этьен,Франция) | 1:0 | 2:2 |
| Олимпик (Марсель,Франция) - Аякс (Амстердам,Нидерланды) | 2:1 | 2:2(-:+ ДВ) |
1/16 финала
Первые матчи 18.02.2009 - 19.02.2009
Вторые матчи 26.02.2009
| Соперники | 1 матч | 2 матч |
| Олимпик (Марсель,Франция) - Твенте (Энсхеде,Нидерланды) | 0:1 | 1:0(+:- Пн) |
| Спортинг (Брага,Португалия) - Стандарт (Льеж,Бельгия) | 3:0 | 1:1 |
| Фиорентина (Флоренция,Италия) - Аякс (Амстердам,Нидерланды) | 0:1 | 1:1 |
| Зенит (Санкт-Петербург,Россия) - Штутгарт (Штутгарт,Германия) | 2:1 | 2:1 |
| Астон Вилла (Бирмингем,Англия) - ЦСКА (Москва,Россия) | 1:1 | 0:2 |
| Шахтёр (Донецк,Украина) - Тоттенхэм (Лондон,Англия) | 2:0 | 1:1 |
| Динамо (Киев,Украина) - Валенсия (Валенсия,Испания) | 1:1 | 2:2 |
| Сампдория (Генуя,Италия) - Металлист (Харьков,Украина) | 0:1 | 0:2 |
| Ольборг (Ольборг,Дания) - Депортиво (Ла Корунья,Испания) | 3:0 | 3:1 |
| Бордо (Бордо,Франция) - Галатасарай (Стамбул,Турция) | 0:0 | 3:4 |
| Олимпиакос (Пирей,Греция) - Сент-Этьен (Сент-Этьен,Франция) | 1:3 | 1:2 |
| Копенгаген (Копенгаген,Дания) - Манчестер Сити (Манчестер,Англия) | 2:2 | 1:2 |
| Лех (Познань,Польша) - Удинезе (Удине,Италия) | 2:2 | 1:2 |
| Пари Сен-Жермен (Париж,Франция) - Вольфсбург (Вольфсбург,Германия) | 2:0 | 3:1 |
| НЕК (Неймеген,Нидерланды) - Гамбург (Гамбург,Германия) | 0:3 | 0:1 |
| Вердер (Бремен,Германия) - Милан (Милан,Италия) | 1:1 | 2:2 |
|
