| Дата | Матч | Счет | * |
| 04.11.2006 | Дагдизель (Каспийск) - Черноморец (Новороссийск) | 1:2 | 1 |
| 29.10.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Судостроитель (Астрахань) | 2:1 | 1 |
| 23.10.2006 | Динамо (Ставрополь) - Черноморец (Новороссийск) | 1:3 | 1 |
| 10.10.2006 | Черноморец (Новороссийск) - СКА (Ростов-на-Дону) | 0:2 | 1 |
| 04.10.2006 | Олимпия (Волгоград) - Черноморец (Новороссийск) | 2:2 | 1 |
| 28.09.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Автодор (Владикавказ) | 3:1 | 1 |
| 21.09.2006 | Элиста (Элиста) - Черноморец (Новороссийск) | 0:3 | 1 |
| 14.09.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Кавказтрансгаз-2005 (Рыздвяный) | 1:1 | 1 |
| 08.09.2006 | Таганрог (Таганрог) - Черноморец (Новороссийск) | 1:1 | 1 |
| 02.09.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Дружба (Майкоп) | 1:0 | 1 |
| 27.08.2006 | Краснодар-2000 (Краснодар) - Черноморец (Новороссийск) | 0:4 | 1 |
| 21.08.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Текстильщик (Камышин) | 2:1 | 1 |
| 15.08.2006 | Ротор (Волгоград) - Черноморец (Новороссийск) | 2:1 | 1 |
| 08.08.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Спартак (Владикавказ) | 1:3 | 1 |
| 02.08.2006 | Спартак (Анапа) - Черноморец (Новороссийск) | 1:2 | 1 |
| 27.07.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Сочи (Сочи) | 2:1 | 1 |
| 21.07.2006 | Судостроитель (Астрахань) - Черноморец (Новороссийск) | 0:2 | 1 |
| 15.07.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Динамо (Ставрополь) | 2:1 | 1 |
| 03.07.2006 | СКА (Ростов-на-Дону) - Черноморец (Новороссийск) | 3:0 | 1 |
| 28.06.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Олимпия (Волгоград) | 3:1 | 1 |
| 21.06.2006 | Автодор (Владикавказ) - Черноморец (Новороссийск) | 1:1 | 1 |
| 14.06.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Элиста (Элиста) | 6:1 | 1 |
| 08.06.2006 | Кавказтрансгаз-2005 (Рыздвяный) - Черноморец (Новороссийск) | 0:0 | 1 |
| 01.06.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Таганрог (Таганрог) | 2:0 | 1 |
| 26.05.2006 | Дружба (Майкоп) - Черноморец (Новороссийск) | 0:0 | 1 |
| 20.05.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Краснодар-2000 (Краснодар) | 1:1 | 1 |
| 14.05.2006 | Текстильщик (Камышин) - Черноморец (Новороссийск) | 2:3 | 1 |
| 06.05.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Ротор (Волгоград) | 2:1 | 1 |
| 30.04.2006 | Спартак (Владикавказ) - Черноморец (Новороссийск) | 2:1 | 1 |
| 22.04.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Спартак (Анапа) | 1:0 | 1 |
| 15.04.2006 | Сочи (Сочи) - Черноморец (Новороссийск) | 0:2 | 1 |
| 09.04.2006 | Черноморец (Новороссийск) - Дагдизель (Каспийск) | 1:0 | 1 |
